Puesta a punto de un algoritmo molecular diagnóstico en pacientes con ELA y/o DFT

Abstract

El diagnóstico genético de la esclerosis lateral amiotrófica y la demencia frontotemporal han quedado ligados a partir de dos principales eventos. En 2006, se identificó TDP-43 como el componente principal de las inclusiones citoplasmáticas ubiquitinadas en la ELA y como la característica neuropatológica más importante de la enfermedad (Neumann et al., 2006); y en 2011, el descubrimiento de la expansión de la repetición GGGGCC en el intrón 1 de C9orf72 en pacientes con ELA y en pacientes con DFT (Alan E Renton et al., 2011; Dejesus-Hernandez et al., 2011). Desde entonces, la unión clínica, neuropatológica y genética se ha ido estrechando hasta el punto de considerarse un espectro sindrómico (Robberecht and Philips, 2013). Al menos en algunos casos, la ELA y la DFT son diferentes manifestaciones del mismo proceso patológico subyacente, por lo que hay individuos con ELA, otros con DFT y otros con ambas patologías tanto en casos aislados como en linajes con varios miembros (Mackenzie, Rademakers and Neumann, 2010). El cambio en el escenario del diagnóstico molecular gracias a la inclusión de las nuevas tecnologías de secuenciación masiva han provocado un enorme aumento de conocimiento en la genética de ambas patologías (Marangi and Bryan J Traynor, 2015; Lamp et al., 2018a) provocando a su vez una mayor dificultad en el procesamiento de los datos y especialmente en la interpretación de los resultados, haciendo más necesario el asesoramiento al paciente a través de la formación de equipos especializados en consejo genético. Uno de los objetivos más ambiciosos de este trabajo es intentar demostrar la existencia de un origen somático a través de la secuenciación del exoma completo. Además, a través de la utilización de distintas técnicas de secuenciación, se intenta analizar la oligogenia y la eficiencia de la NGS para el diagnóstico molecular y su utilización como herramienta rutinaria. También, gracias a la NGS se busca encontrar el mejor algoritmo diagnóstico molecular que permita realizar un óptimo análisis genético a todos los pacientes con ELA y DFT. A su vez, con el fin de encontrar posibles factores de riesgo de estas patologías se han analizado las longitudes intermedias de la expansión causante de la enfermedad de Kennedy. Nuestros resultados no encuentran diferencias en la presencia de variantes puntuales ni de pequeñas deleciones en los genes asociados al espectro ELA-DFT ni tampoco la presencia o acumulación de variantes raras (MAF < 0,01) puntuales en la parte codificante del genoma en diferentes tejidos de pacientes con ELA para el hallazgo de mutaciones de origen somático. Los resultados de esta tesis apoyan la necesidad de incluir WES en el diagnóstico genético de los casos ELAf y DFTf, e incluye el grupo de comorbilidad de ambas patologías (ELA-DFT) independientemente de la existencia de antecedentes familiares. La presencia de la oligogenia es un proceso más frecuente de lo esperado en la población española, teniendo especial relevancia los factores de riesgo en genes ampliamente conocidos. De igual manera, se establece un algoritmo molecular diagnóstico que incluye las prioridades en el análisis genético ante la llegada de nuevos pacientes, así como las técnicas necesarias para llevar a cabo un diagnóstico costo-eficiente