Implementación de la validación funcional de las variantes en LDLR, APOB, PCSK9 y LDLRAP1 para confirmar el diagnóstico genético de la Hipercolesterolemia Familiar en la práctica asistencial

Abstract

La hipercolesterolemia familiar (FH; MIM#143890) es un trastorno del metabolismo lipídico caracterizado por elevaciones en el colesterol asociado a lipoproteínas de baja densidad (LDL-c) y un alto riesgo de enfermedad coronaria prematura (ECP). El fenotipo clínico se debe a defectos en los tres genes: LDLR (MIM 606945), APOB (MIM 107730) y PCSK9 (MIM 607786). Entre los casos diagnosticados molecularmente, el 86-88% son causados por variantes en LDLR; el 12% son debidos a variantes en APOB; y <0.1-2% son producidos por variantes en PCSK9. Las alteraciones en estos genes pueden producir FH con un patrón de herencia autosómico dominante. La prevalencia de la forma heterocigota de FH es de aproximadamente 1/200-250 y de 1/160.000-300.000 en su forma homocigota. Estudios posteriores han demostrado que las variantes en el gen LDLRAP1 (MIM 605747) resultan en una forma autosómica recesiva de FH con una baja prevalencia (1-9/1000000). Sin embargo, la variante causal de FH no se encuentra hasta en un 60% de los pacientes. Por ello, surge la necesidad de estudiar todas las regiones codificantes de los genes de interés, las intrónicas adyacentes, promotoras e incluso ampliar el análisis a otros genes que pudieran ayudar en la confirmación molecular de la FH. La llegada de la secuenciación masiva de última generación (NGS) permitió estudiar todas las regiones de interés pudiendo identificar muchas más variantes, pero al mismo tiempo aumentó el número de variantes de significado incierto (VUS). En esta tesis hemos abordado el análisis genético mediante NGS, para ello hemos diseñado un panel customizado MTB-V1 con 435 genes. En un primer abordaje analizamos todas las regiones promotoras, exónicas e intrónicas adyacentes y de interés de los genes: LDLR, APOB, PCSK9 y LDLRAP1. Entre las variantes encontradas, 16 eran nuevas y algunas de ellas clasificadas como VUS. Con el objetivo de evitar el diagnóstico incierto implementamos los estudios funcionales para validar las variantes encontradas en dichos genes y las pudimos clasificar como patogénicas o benignas. Otras variantes halladas en nuestra cohorte de pacientes, que habían sido previamente reportadas y clasificadas como VUS, según los criterios del Colegio Americano de Genética y Genómica Médica (ACMG), se puedieron clasificar gracias a estos estudios funcionales. Al estudiar el panel completo se encontraron variantes en genes relacionados con hipercolesterolemia como STAP1, ABCG5, ABCG8 y, se confirmó el diagnóstico molecular de sitosterolemia en dos pacientes. Finalmente, fueron analizados el resto de genes del panel, se encontraron 266 variantes en 81 genes de las cuales 46 eran nuevas. Estos hallazgos pueden revelar la implicación de otros genes en el desarrollo de la hipercolesterolemia y, también diferenciar si estamos ante una poligénica. Con ello se favorece el diagnóstico precoz que permite una intervención terapéutica para evitar el riesgo de enfermedad aterosclerótica. Además, el descubrimiento de nuevos genes causales permitiría identificar nuevas dianas terapéuticas