Utilidad de la biopsia líquida en pacientes con cáncer de pulmón no microcítico con translocación en ALK

Abstract

El cáncer de pulmón es la principal causa de mortalidad relacionada con el cáncer, diagnosticándose en estadios avanzados en el 80% de los casos. El manejo del cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP) avanzado ha mejorado notablemente gracias a la identificación de alteraciones moleculares y al desarrollo de fármacos dirigidos frente a las mismas. Las mutaciones más relevantes en el CPCNP ocurren en los genes EGFR, ALK y ROS1, dianas de terapias dirigidas basadas en inhibidores de tirosina kinasa (TKIs). En concreto, el 3-7% de los pacientes con CPCNP presentan translocaciones en ALK, originando un subtipo molecular observado especialmente en pacientes jóvenes, no fumadores y con histología de adenocarcinoma. El correcto diagnóstico de estos pacientes es crucial dada la mejora significativa en supervivencia y calidad de vida gracias al amplio abanico de TKIs dirigidos frente ALK (ALK-TKIs). Sin embargo, alrededor del 70% de los pacientes progresan tras 1 o 2 años de tratamiento debido a mutaciones de resistencia. Estas mutaciones, no obstante, no confieren resistencia a todos los TKIs disponibles. En este sentido, el estudio del perfil mutacional del tumor a la progresión, mediante técnicas de alta sensibilidad, puede suponer una estrategia eficiente para establecer una secuencia adecuada y personalizada de ALK-TKIs. Sin embargo, la biopsia tumoral en los pacientes con CPCNP no siempre es factible. La biopsia líquida, entendida como sangre y otros fluidos corporales, permite la detección tanto de las fusiones en ALK como de mecanismos de resistencia a ALK-TKIs de forma mínimamente invasiva. Sin embargo, la detección de fusiones en biopsia líquida sigue siendo un desafío dada su complejidad genómica. La Tesis doctoral se presenta como un compendio de publicaciones que tienen como objetivo perfeccionar los métodos diagnósticos y de seguimiento de los pacientes con CPCNP, especialmente aquellos con fusión en ALK. El primer trabajo demostró que la secuenciación masiva (NGS) del ADN circulante libre (cfDNA) basada en identificadores moleculares únicos (UMIs), con sensibilidad similar a técnicas como la PCR digital (dPCR), permite conocer el perfil mutacional del tumor con una alta concordancia con la dPCR. En el segundo trabajo, se demostró que el cfDNA procedente de fluidos corporales representa una fuente de información importante para identificar biomarcadores, en cáncer de pulmón, con mayor sensibilidad que el plasma. En el tercer artículo se analizaron mediante NGS 26 muestras de plasma y dos de líquido cefalorraquídeo (LCR), procedentes de 24 pacientes con CPCNP ALK-positivos, obtenidas en el momento de la progresión a un ALK-TKI. Mediante el desarrollo de un algoritmo bioinformático se identificaron mutaciones en el locus de ALK en el 35% de los pacientes, así como potenciales mutaciones de resistencia en otros genes. Estos resultados, junto con los del caso clínico descrito en el cuarto artículo, demostraron la validez de la NGS de muestras de biopsia líquida para la detección de mutaciones de resistencia en el locus de ALK y la utilidad de este abordaje para la toma de decisiones terapéuticas en los pacientes ALK-positivos. Por último, nuestra estrategia para el quinto trabajo fue el estudio de transcritos de fusión de ALK (ARN mensajero, mRNA) contenidos en vesículas extracelulares (EVs), donde se encuentran protegidos de las RNAasas del torrente sanguíneo. Así, la fusión de EML4-ALK, tanto en su forma proteica como en mRNA, se identificó en EVs aisladas de líneas celulares y, posteriormente, en 8 de las 16 muestras clínicas de plasma derivadas de pacientes con CPCNP ALK-positivos analizadas, especialmente en aquellas con mayor expresión de la tetraspanina CD81. El aislamiento de EVs supone una estrategia alternativa al tejido, no invasiva, automatizable y aplicable a la práctica clínica para la detección de fusiones como la translocación de ALK